Sự phát triển của giáo dục Y tế Việt Nam nói chung thì Trường Cao đẳng Y Dược phải gắn liền với sự phát triển của các Trường Đại học Y Dược Thành Phố Hồ Chí Minh.
Đối với các Trường Cao đẳng Y tế thì cần phải hội nhập với các Trường Đại học Y Dược Thành Phố Hồ Chí Minh, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ, Đại học Y Dược Đà Nẵng, Đại Học Y Dược Huế... Tuy nhiên, càng hội nhập sâu, rộng hơn thì những thách thức Trường Cao đẳng Y tế phải đối mặt càng lớn trên nhiều phương diện: chất lượng nguồn tuyển sinh, nguồn lực đầu tư tài chính và nhân lực cán bộ giảng viên phải có trình độ sau Đại học.
Chất lượng và hiệu quả đào tạo của các Trường Cao đẳng Y Dược Tp HCM đang được đặt ra cấp bách. Nhiều ý kiến cho rằng tự chủ tuyển sinh là chìa khóa cứu cánh cho các Trường Cao đẳng Y Dược Tp HCM nhưng theo ý kiến của một số chuyên gia Y tế Giáo dục thì tự chủ tuyển sinh không chỉ là điều kiện chỉ cần thí sinh tốt nghiệp THPT là đủ điều kiện theo học Cao đẳng Y Dược. Thực tiễn cho thấy rõ nhất là các trường cao đẳng y dược ngoài công lập mức độ tự chủ cao hơn rất nhiều so với trường cao đẳng y tế công lập, nhưng cũng chỉ có một số trường như Trường Cao đẳng Dược Sài Gòn lớn mạnh từng ngày qua năm tháng, còn không ít các trường cao đẳng y dược sài gòn khác rất chật vật để tồn tại.
Trong bối cảnh điều kiện nguồn lực các Trường Cao đẳng Y Dược Tp HCM còn hạn chế, nên rất cần hợp tác với các Trường Đại học Y Dược Thành Phố Hồ Chí Minh để phát huy lợi thế của mỗi trường. Các Trường Đại học Y Dược có những giảng viên giỏi, trình độ tiến sĩ, giáo sư có thể hỗ trợ các Trường Cao đẳng Y Dược đào tạo giảng viên hoặc sang thỉnh giảng để các Trường Cao đẳng Y Dược học hỏi kinh nghiệm giảng dạy.
Ngành Y tế Giáo dục Việt Nam đang phát triển trong nền kinh tế chia sẻ, không một Trường Cao đẳng Y Dược nào dù có lớn mạnh có thể đứng một mình có thể phát triển bền vững được. Trong khi nhiều trường cao đẳng y dược thành phố đang kêu gọi sự hợp tác giúp đỡ từ các chuyên gia y tế nước ngoài nhưng lại chưa tranh thủ được sự liên kết với các trường đại học y dược thành phố HCM để tạo ra chất lượng đào tạo tốt hơn. Nhiều chuyên gia Y tế Giáo dục cho rằng Việt Nam đang làm ngược với logic của thế giới về huy động nhân tài cho các trường Cao đẳng Y Dược. Ví dụ, quy định về tỉ lệ giảng viên thỉnh giảng chỉ được khoảng 40% so với giảng viên cơ hữu là rất trái logic về quản lý nguồn nhân lực được vận hành trong nền kinh tế chia sẻ hiện nay. Điều đó đã khiến tư duy quản lý các Trường Cao đẳng Y Dược nặng đầu vào, không thúc đẩy được mời nhiều giảng viên các Trường đại học Y Dược có trình độ cao sang làm giảng viên thỉnh giảng. Y học hiện đại vốn mang bản chất là khoa học công nghệ, do vậy một trường cao đẳng y dược không thể “tự túc tự cấp” được, đòi hỏi phải khai thác chuyên gia từ đại học y dược khác hoặc các bệnh viện lớn trên địa bàn thành phố. Tư duy giảng viên cơ hữu đảm nhiệm trách nhiệm dạy chính đã bóp nghẹt ý muốn sáng tạo đổi mới trong việc đa dạng giáo viên giảng dạy và nghiên cứu khoa học.
Trong lý thuyết quản trị hiện đại rất cần phải tạo ra các mạng lưới hợp tác giữa các trường cao đẳng y dược và đại học y dược thành phố Hồ Chí Minh để phát huy sức mạnh tổng hợp của hệ thống Giáo dục Nghề nghiệp. Tuy nhiên, nhiều năm qua chưa có sự bình đẳng giữa trường công và trường tư đối với sự hỗ trợ của Nhà nước trong việc đầu tư cơ sở vật chất, chính sách. Những lợi thế tự nhiên của đại học y dược như: có danh tiếng từ lâu, được Nhà nước đầu tư lớn về cơ sở vật chất, con người, lại toạ lạc ở vị trí địa lý thuận lợi, học phí thấp... nên đã gây khó khăn cho các Trường Cao đẳng Y Dược về công tác tuyển sinh.
Sức mạnh của một hệ thống Giáo dục Nghề Nghiệp phải là phép cộng nếu các Trường Cao đẳng Y Dược liên kết hợp tác với các trường đại học y dược của thành phố, hình thành một liên kết hợp tác cùng chia sẻ. Nếu làm được như vậy thì các Trường Cao đẳng Y Dược ở Thành Phố Hồ Chí Minh sẽ cùng lớn lên mà không ngại sự cạnh tranh với các Trường Cao đẳng – Đại học khác.